假设是项目 与合作伙伴一起在 神经科学信息框架 (NIF) 和 ORCID 已被 Leona M. 和 Harry B. Helmsley 慈善信托基金授予 3 年 2.2 万美元的赠款,为生物医学带来注释。 Web 注释,一个 数字笔记的新标准 在现有的在线资源之上,从学术出版到教育、开放政府和新闻业的各个领域都证明是变革性的。 该项目将把这些进步带到生物医学领域,在那里它们有可能产生独特的影响。
生物医学研究人员面临着快速增长的文献和数据,但以数字和交互式方式提取、引用和共享单个组件仍然难以实现。 对小数据集、嵌入图形和广泛编目研究对象(如蛋白质、结构和物种)的引用仍然难以与贡献者或评论联系起来,也难以通过开放的网络搜索向研究人员展示和检索。 因此,研究人员在有效发现和利用周围信息的能力方面受到阻碍。
2014 年,赫尔姆斯利信托基金创建了一个新的计划领域, 生物医学研究基础设施 (BRI),改善生物医学合作和合作研究的基础设施。 作为世界上最大的生物医学研究私人资助者之一,他们敏锐地意识到生物医学中限制研究的低效率和不利因素。 这个新计划领域力求通过创建和采用开放技术,尽可能消除研究合作的障碍。
这笔赠款是新项目办公室在首轮融资中提供的三笔赠款之一,另外还有授予 Mozilla 科学实验室和 Sage Bionetworks 的奖项。
注释的潜力
注释为研究人员提供了一种强大的新方式来组织他们对 Web 内容的想法和笔记。 这些可以一对一共享,以小组形式共享,也可以根据需要与其他合作者公开共享。 注释可以警告质量问题,建议修改实验技术或只是提供有用的背景信息。
最近的发展,例如研究对象的新标识符(研究资源标识符,又名 RRID)、研究人员标识符(ORCID)和一个新的 开放网络注释标准 (W3C),正在融合以提高生物医学研究中的知识可发现性、转移性、再现性和协作性。
UCSD 的神经科学信息框架 (NIF) 等项目已经通过汇总已发表论文与研究对象或协议之间的关联,出现了数百万条注释。 这些注释已与文献发现服务共享,例如 PubMed,但它们仍然难以被发现。 将这些关联迁移到开放注释模型中,使它们可以通过各种方法(包括 Hypothes.is 等符合标准的客户端)进行重用、使用和显示。
注释是微观或“纳米出版”的新范式的一个例子——新的出版能力使迄今为止不可能实现的研究交流的更细粒度的方法成为可能。 微出版允许更快速地传播经验,包括有关失败的努力或不成功的协议的详细信息。 小型或一次性试验和台架实验的可见性提高,可以为那些训练有素或资源充足的人提供深入调查的有效途径,同时发布少量数据和统计结果。
将注解与 RRID 和 ORCID 独特的研究人员标识符可以通过创建一组互锁和可互操作的开源研究资产来改变生物医学研究,这些资产可以精确定位、归因和参考。
合作伙伴合作概览
合作伙伴将合作整合 ORCID 将贡献者标识符与 RRID 一起放入注释和出版商工作流程中,并在 ORCID 界面。
我们的提案将标识符和研究人员驱动的评论结合在一起,我们希望这种方式能够促进研究活动和一般学术成果的参与。 此外,该提案将使学术研究对象的研究人员能够测量和引用注释活动,从而可以将此类活动包含在机构和个人研究活动报告中。
我们提案的最后一个关键目标是促进在生物科学中普遍采用注释。 早期活动将是组织和收集用户组和合作伙伴的意见,以更好地了解他们的需求,并改进可交付成果以满足他们。 我们欢迎看到这项技术潜力的其他人的兴趣,并渴望与志同道合的组织和个人携手合作。
关于合作伙伴
假设
The Hypothes.is Project 是一家总部位于旧金山的非盈利软件公司,致力于通过对所有知识的共享、协作讨论层使人类能够更有效地一起推理。
神经科学信息框架
UCSD 的神经科学信息框架 (NIF) 是 NIH 神经科学研究蓝图的一项倡议,它提供了一个开放的网络环境,研究人员可以用来搜索基于 Web 的神经科学数据源、研究材料和工具的清单。 NIF 拥有三个主要索引:Registry,一个包含 12,000 个资源(包括 2500 个数据库)的目录; 国家医学图书馆的文学、PubMed 和 PubMed Central 服务的开放获取子集; 和数据联盟,这是一组 200 个数据库,公开了大约 850 亿条数据记录。 NIF 和 Hypothes.is 将合作开发服务,以在新兴的 Web 注释标准中公开纯文本描述。 有关 NIF 的更多信息,请参阅 https://www.neuinfo.org/.
ORCID
ORCID 使命是解决学术交流中的名称歧义问题。 为此, ORCID 为研究人员提供唯一和持久标识符的开放注册表,并与社区合作以确保在研究工作流程中收集这些标识符并成为研究工作和活动的一部分。 ORCID专注于研究人员的参与、开放 API 和软件代码的提供,以及与其他标准组织和持久标识符计划(包括 RRID)的合作,使得 ORCID 将研究人员与其注释活动联系起来的强大工具。
来自以下方面的贡献:
丹·威利,假设。
Maryann Martone,加州大学圣地亚哥分校
劳雷尔·哈克 ORCID
彼得布兰特利,纽约公共图书馆