Projekt Hypothes.is Project společně s partnery v Informační rámec pro neurovědy (NIF) a ORCID získala od Leona M. a Harry B. Helmsley Charitable Trust 3letý grant ve výši 2.2 mil. USD, který přináší anotaci k biomedicíně. Webové anotace, a nový standard pro digitální poznámky navíc ke stávajícímu online zdroji se ukazují jako transformativní v různých oblastech od vědeckého publikování po vzdělávání, otevřenou vládu a žurnalistiku. Tento projekt přinese tyto pokroky do biomedicíny, kde mají potenciál mít jedinečný dopad.
Biomedicínští výzkumníci čelí rychle rostoucímu množství literatury a dat, ale extrakce, citování a sdílení jednotlivých komponent digitálním a interaktivním způsobem zůstává nepolapitelné. Odkazy na malé soubory dat, vložená čísla a široce katalogizované výzkumné objekty (jako jsou proteiny, struktury a druhy) je i nadále obtížné spojit s přispěvateli nebo komentáři, dostat se k výzkumníkům a získat je prostřednictvím otevřeného webového vyhledávání. V důsledku toho je výzkumníkům bráněna jejich schopnost efektivně objevovat a využívat informace kolem sebe.
V roce 2014 vytvořila společnost Helmsley Trust novou programovou oblast, Biomedicínská výzkumná infrastruktura (BRI), zlepšit infrastrukturu pro kolaborativní a kooperativní výzkum v biomedicíně. Jako jeden z největších soukromých poskytovatelů biomedicínského výzkumu na světě si velmi dobře uvědomují neefektivitu a odrazující faktory v biomedicíně, které omezují výzkum. Tato nová programová oblast usiluje o odstranění překážek spolupráce ve výzkumu tam, kde je to možné, vytvářením a přijímáním otevřených technologií.
Tento grant je jedním ze tří udělených novou programovou kanceláří v jejich zahajovacím kole spolu s oceněním Mozilla Science Lab a Sage Bionetworks.
Potenciál anotace
Anotace poskytují výzkumníkům nový účinný způsob, jak organizovat své myšlenky a poznámky k webovému obsahu. Ty lze podle potřeby sdílet jeden na jednoho, v malých skupinách nebo veřejně s jinými spolupracovníky. Anotace mohou varovat před problémy s kvalitou, navrhovat úpravy experimentálních technik nebo jednoduše poskytovat užitečné základní informace.
Nedávný vývoj, jako jsou nové identifikátory pro výzkumné objekty (Výzkumné identifikátory zdrojů(aka RRID), identifikátory výzkumníka (ORCID) a nový otevřený standard anotací webu (W3C), se sbližují, aby zvýšily objevitelnost, přenos, reprodukovatelnost a spolupráci znalostí v rámci biomedicínského výzkumu.
Projekty, jako je Neuroscience Information Framework (NIF) na UCSD, již vynesly miliony anotací agregací asociací mezi publikovanými články a výzkumnými objekty nebo protokoly. Tyto anotace byly sdíleny se službami zjišťování literatury, jako je PubMed, ale stále je obtížné je objevit. Migrace těchto přidružení do modelu otevřené anotace je zpřístupní pro opětovné použití, spotřebu a zobrazení prostřednictvím různých přístupů, včetně klientů vyhovujících standardům, jako je Hypothes.is a další.
Anotace jsou příkladem nového paradigmatu mikro nebo „nanopublikace“ - nových publikačních schopností, které umožňují podrobnější přístup k výzkumné komunikaci, který dosud nebyl možný. Mikropublikování umožňuje rychlejší šíření zkušeností, včetně podrobností o neúspěšných snahách nebo neúspěšných protokolech. Vylepšená viditelnost malých nebo jednorázových pokusů a zkušebních testů může navrhnout plodné cesty k prohloubení vyšetřování pro ty, kteří jsou lépe vyškoleni nebo mají dostatečné zdroje, spolu se zveřejněním malého množství údajů a statistických výsledků.
Spojování anotací s RRID a ORCID jedinečný identifikátor výzkumného pracovníka může transformovat biomedicínský výzkum vytvořením vzájemně propojené a interoperabilní sady zdrojů výzkumu s otevřeným zdrojovým kódem, které přinášejí přesnost umístění, přiřazení a odkazu.
Přehled partnerské spolupráce
Partneři budou spolupracovat na začlenění ORCID identifikátory přispěvatelů do anotací a do pracovních toků vydavatele spolu s RRID, stejně jako odhalení aktivity vědeckých anotací v ORCID rozhraní.
Náš návrh spojuje identifikátory a komentáře řízené výzkumnými pracovníky způsobem, který, jak doufáme, usnadní výzkumnou činnost a zapojení do vědecké produkce obecně. Tento návrh navíc umožní měření a citování anotační činnosti výzkumnými pracovníky vědeckých výzkumných objektů, což umožní zahrnout takovou aktivitu do podávání zpráv o institucionální a individuální výzkumné činnosti.
Posledním klíčovým cílem našeho návrhu je usnadnit přijetí anotací obecně v biologických vědách. Počáteční činností bude organizovat a shromažďovat příspěvky od skupin uživatelů a partnerů, aby lépe porozuměli jejich potřebám, a vyvíjet výstupy tak, aby je splňovaly. Vítáme zájem ostatních, kteří vidí potenciál této technologie, a touží spojit své síly s podobně smýšlejícími organizacemi a jednotlivci.
O partnerech
Hypotéza
The Hypothes.is Project je nezisková softwarová společnost se sídlem v San Francisku, která se zaměřuje na to, aby umožnila lidem efektivnější uvažování společně prostřednictvím sdílené, kolaborativní diskusní vrstvy o všech znalostech.
Informační rámec pro neurovědy
Neuroscience Information Framework (NIF) na UCSD je iniciativou NIH Blueprint for Neuroscience Research, která poskytuje otevřené síťové prostředí, které mohou výzkumníci použít k prohledávání inventáře webových zdrojů neurovědy, výzkumných materiálů a nástrojů. NIF má tři hlavní indexy: Registr, katalog 12,000 2500 zdrojů (včetně 200 850 databází); podmnožina otevřeného přístupu služeb Literatura, PubMed a PubMed Central v Národní lékařské knihovně; a Data Federation, skupina XNUMX databází, které vystavují přibližně XNUMX milionů datových záznamů. NIF a Hypothes.is budou spolupracovat na vývoji služeb, které odhalí popisy prostého textu ve vznikajícím standardu webové anotace. Další informace o NIF viz https://www.neuinfo.org/.
ORCID
Projekt ORCID úkolem je vyřešit problém nejednoznačnosti názvu ve vědecké komunikaci. Za tímto účelem ORCID poskytuje otevřený registr jedinečných a trvalých identifikátorů pro výzkumné pracovníky a spolupracuje s komunitou, aby zajistil, že tyto identifikátory budou shromažďovány během pracovních toků výzkumu a stanou se součástí výzkumných prací a činností. ORCIDZaměření na zapojení výzkumných pracovníků, poskytování otevřených API a softwarového kódu a spolupráce s dalšími normalizačními organizacemi a iniciativami trvalých identifikátorů, včetně RRID, činí ORCID účinný nástroj pro propojení výzkumných pracovníků s jejich anotační činností.
S příspěvky od:
Dan Whaley, Hypothes.is
Maryann Martone, UCSD
Laurel Haak, ORCID
Peter Brantley, NYPL