Połączenia Projekt Hypothes.is wraz z partnerami w Ramy informacyjne neuronauki (NIF) i ORCID otrzymał 3-letni grant w wysokości 2.2 mln USD od Leona M. i Harry B. Helmsley Charitable Trust na wprowadzenie adnotacji do biomedycyny. Adnotacje internetowe, a nowy standard notatek cyfrowych oprócz istniejącego zasobu internetowego, okazują się przełomowe w różnych dziedzinach, od publikacji naukowych po edukację, otwarty rząd i dziennikarstwo. Ten projekt wniesie te postępy do biomedycyny, gdzie mogą one wywrzeć wyjątkowy wpływ.
Badacze biomedyczni mają do czynienia z szybko rosnącą literaturą i danymi, jednak wydobywanie, cytowanie i udostępnianie poszczególnych składników w sposób cyfrowy i interaktywny pozostaje nieuchwytne. Odniesienia do małych zestawów danych, osadzonych rysunków i szeroko skatalogowanych obiektów badawczych (takich jak białka, struktury i gatunki) nadal trudno jest powiązać z autorami lub komentarzami, wypłynąć na powierzchnię badaczy i wyszukać je za pomocą otwartej wyszukiwarki internetowej. W konsekwencji badacze mają utrudnioną zdolność do skutecznego odkrywania i wykorzystywania informacji wokół nich.
W 2014 roku Helmsley Trust stworzył nowy obszar programowy, Infrastruktura badań biomedycznych (BRI), aby poprawić infrastrukturę dla wspólnych i wspólnych badań w biomedycynie. Jako jeden z największych prywatnych sponsorów badań biomedycznych na świecie, są oni w pełni świadomi nieefektywności i czynników zniechęcających w biomedycynie, które ograniczają badania. Ten nowy obszar programu ma na celu usuwanie przeszkód we współpracy badawczej, tam gdzie to możliwe, poprzez tworzenie i wdrażanie otwartych technologii.
Ten grant jest jednym z trzech przyznanych przez nowe biuro programowe w ich inauguracyjnej rundzie, wraz z nagrodami dla Mozilla Science Lab i Sage Bionetworks.
Potencjał adnotacji
Adnotacje to nowy, skuteczny sposób organizowania myśli i notatek dotyczących treści internetowych. Można je udostępniać jeden na jednego, w małych grupach lub publicznie z innymi współpracownikami, zgodnie z preferencjami. Adnotacje mogą ostrzegać o problemach z jakością, sugerować modyfikacje technik eksperymentalnych lub po prostu dostarczać pomocnych informacji ogólnych.
Ostatnie zmiany, takie jak nowe identyfikatory obiektów badawczych (Identyfikatory zasobów badawczych, inaczej RRID), identyfikatory naukowców (ORCID) i nowy otwarty standard adnotacji internetowych (W3C) zbiegają się, aby zwiększyć wykrywalność, transfer, odtwarzalność i współpracę w ramach badań biomedycznych.
Już teraz projekty takie jak Neuroscience Information Framework (NIF) na UCSD ujawniły miliony adnotacji poprzez agregację powiązań między opublikowanymi artykułami a obiektami badawczymi lub protokołami. Te adnotacje zostały udostępnione usługom wyszukiwania literatury, takim jak PubMed, ale nadal trudno je znaleźć. Migracja tych powiązań do otwartego modelu adnotacji umożliwia ich ponowne wykorzystanie, wykorzystanie i wyświetlanie za pomocą różnych podejść, w tym klientów zgodnych ze standardami, takich jak Hypothes.is i innych.
Adnotacje są przykładem nowego paradygmatu mikro lub „nanopublikacji” — nowych możliwości publikowania, które umożliwiają bardziej szczegółowe podejście do komunikacji badawczej, które do tej pory nie było możliwe. Mikropublikowanie pozwala na szybsze rozpowszechnianie doświadczeń, w tym szczegółów dotyczących przerwanych wysiłków lub nieudanych protokołów. Zwiększona widoczność małych lub jednorazowych prób i eksperymentów laboratoryjnych może zasugerować owocne możliwości pogłębienia dochodzenia dla osób lepiej wyszkolonych lub dysponujących zasobami, wraz z udostępnieniem niewielkich ilości danych i wyników statystycznych.
Łączenie adnotacji z RRID i ORCID Unikalny identyfikator naukowca może zmienić badania biomedyczne, tworząc zazębiający się i interoperacyjny zestaw zasobów badawczych typu open source, które zapewniają precyzję lokalizacji, przypisania i odniesienia.
Przegląd współpracy partnerskiej
Partnerzy będą współpracować w celu włączenia ORCID identyfikatory współpracowników w adnotacjach i przepływach pracy wydawców wraz z RRID, a także ujawnianie naukowej aktywności adnotacji w ORCID berło.
Nasza propozycja łączy identyfikatory i komentarze kierowane przez badaczy w sposób, który, mamy nadzieję, ułatwi działalność badawczą i ogólne zaangażowanie w dorobek naukowy. Ponadto propozycja ta umożliwi mierzenie i cytowanie aktywności adnotacyjnej przez badaczy obiektów badań naukowych, umożliwiając uwzględnienie tej aktywności w sprawozdawczości instytucjonalnej i indywidualnej działalności badawczej.
Ostatnim kluczowym celem naszej propozycji jest ułatwienie przyjęcia adnotacji ogólnie w naukach biologicznych. Pierwszym działaniem będzie zorganizowanie i zebranie opinii od grup użytkowników i partnerów, aby lepiej zrozumieć ich potrzeby i opracować produkty, które je spełnią. Cieszymy się z zainteresowania innych osób, które dostrzegają potencjał tej technologii i chętnie łączą siły z podobnie myślącymi organizacjami i osobami.
O partnerach
Hipoteza
Projekt Hypothes.is to nienastawiona na zysk firma programistyczna z siedzibą w San Francisco, której celem jest umożliwienie ludziom skuteczniejszego wspólnego rozumowania poprzez wspólną, opartą na współpracy warstwę dyskusji nad całą wiedzą.
Ramy informacyjne neuronauki
Neuroscience Information Framework (NIF) w UCSD to inicjatywa NIH Blueprint for Neuroscience Research, która zapewnia otwarte środowisko sieciowe, które naukowcy mogą wykorzystać do przeszukiwania spisu internetowych źródeł danych neuronaukowych, materiałów badawczych i narzędzi. NIF ma trzy główne indeksy: Rejestr, katalog 12,000 2500 zasobów (w tym 200 baz danych); podzbiór usług otwartego dostępu Literatury, PubMed i PubMed Central w Narodowej Bibliotece Lekarskiej; oraz Data Federation, grupa 850 baz danych, które udostępniają około XNUMX milionów rekordów danych. NIF i Hypothes.is będą współpracować w celu opracowania usług udostępniania opisów zwykłym tekstem w powstającym standardzie Web Adnotation. Aby uzyskać więcej informacji na temat NIF, zob https://www.neuinfo.org/.
ORCID
Połączenia ORCID misją jest rozwiązanie problemu niejednoznaczności nazw w komunikacji naukowej. Do końca, ORCID zapewnia otwarty rejestr unikalnych i trwałych identyfikatorów dla naukowców i współpracuje ze społecznością, aby zapewnić, że te identyfikatory są gromadzone podczas przepływu pracy badawczej i stają się częścią prac i działań badawczych. ORCIDKoncentracja firmy na zaangażowaniu badaczy, dostarczaniu otwartych interfejsów API i kodu oprogramowania oraz współpracy z innymi organizacjami normalizacyjnymi i inicjatywami trwałych identyfikatorów, w tym RRID, sprawia, że ORCID potężne narzędzie do łączenia badaczy z ich działalnością adnotacyjną.
Z wkładami od:
Dan Whaley, Hypothes.is
Maryann Martone, Uniwersytet Kalifornijski
Laura Haak, ORCID
Petera Brantleya z Nowego Jorku