Das Hypothes.is-Projekt zusammen mit Partnern der Informationsrahmen für Neurowissenschaften (NIF) und ORCID hat vom Leona M. and Harry B. Helmsley Charitable Trust ein dreijähriges Stipendium in Höhe von 3 Millionen US-Dollar erhalten, um Anmerkungen in die Biomedizin zu bringen. Webanmerkungen, a neuer Standard für digitale Notizen Zusätzlich zu einer bestehenden Online-Ressource erweisen sie sich in verschiedenen Bereichen als transformativ, vom wissenschaftlichen Publizieren bis hin zu Bildung, Open Government und Journalismus. Dieses Projekt wird diese Fortschritte in die Biomedizin einbringen, wo sie das Potenzial haben, einzigartige Auswirkungen zu haben.
Biomedizinische Forscher sind mit einem schnell wachsenden Bestand an Literatur und Daten konfrontiert, dennoch bleibt es schwierig, einzelne Komponenten auf digitale und interaktive Weise zu extrahieren, zu zitieren und zu teilen. Verweise auf kleine Datensätze, eingebettete Abbildungen und weit katalogisierte Forschungsobjekte (wie Proteine, Strukturen und Arten) lassen sich nach wie vor nur schwer mit Mitwirkenden oder Kommentaren in Verbindung bringen, sind für Forscher sichtbar und können über eine offene Websuche abgerufen werden. Folglich wird es den Forschern erschwert, die sie umgebenden Informationen effektiv zu entdecken und zu nutzen.
Im Jahr 2014 richtete der Helmsley Trust einen neuen Programmbereich ein: Biomedizinische Forschungsinfrastruktur (BRI), um die Infrastruktur für gemeinsame und kooperative Forschung in der Biomedizin zu verbessern. Als einer der größten privaten Geldgeber der biomedizinischen Forschung weltweit sind sie sich der Ineffizienzen und Fehlanreize in der Biomedizin, die die Forschung einschränken, sehr bewusst. Dieser neue Programmbereich ist bestrebt, Hindernisse für die Forschungszusammenarbeit nach Möglichkeit durch die Schaffung und Einführung offener Technologien zu beseitigen.
Dieses Stipendium ist neben den Auszeichnungen für das Mozilla Science Lab und Sage Bionetworks eines von drei Stipendien, die das neue Programmbüro in seiner Eröffnungsrunde vergeben hat.
Das Potenzial der Annotation
Anmerkungen bieten Forschern eine leistungsstarke neue Möglichkeit, ihre Gedanken und Notizen zu Webinhalten zu organisieren. Diese können je nach Wunsch einzeln, in kleinen Gruppen oder öffentlich mit anderen Mitarbeitern geteilt werden. Anmerkungen können vor Qualitätsproblemen warnen, Änderungen an experimentellen Techniken vorschlagen oder einfach hilfreiche Hintergrundinformationen liefern.
Aktuelle Entwicklungen wie neue Identifikatoren für Forschungsobjekte (Identifikatoren von Forschungsressourcen, auch bekannt als RRIDs), Forscher-Identifikatoren (ORCID) und eine neue Offener Web-Annotationsstandard (W3C) kommen zusammen, um die Auffindbarkeit, den Transfer, die Reproduzierbarkeit und die Zusammenarbeit von Wissen in der biomedizinischen Forschung zu verbessern.
Projekte wie das Neuroscience Information Framework (NIF) an der UCSD haben bereits Millionen von Anmerkungen an die Oberfläche gebracht, indem sie Zusammenhänge zwischen veröffentlichten Artikeln und Forschungsobjekten oder Protokollen zusammengefasst haben. Diese Anmerkungen wurden an Literatursuchdienste wie PubMed weitergegeben, sind jedoch nach wie vor schwer zu entdecken. Durch die Migration dieser Assoziationen in das offene Annotationsmodell werden sie für die Wiederverwendung, Nutzung und Anzeige über eine Vielzahl von Ansätzen verfügbar, einschließlich standardkonformer Clients wie Hypothes.is und anderen.
Anmerkungen sind ein Beispiel für das neue Paradigma der Mikro- oder „Nanopublikation“ – neue Veröffentlichungsmöglichkeiten, die einen detaillierteren Ansatz für die Forschungskommunikation ermöglichen, der bisher nicht möglich war. Micropublishing ermöglicht eine schnellere Verbreitung von Erfahrungen, einschließlich Details zu abgebrochenen Bemühungen oder erfolglosen Protokollen. Die verbesserte Sichtbarkeit kleiner oder einmaliger Versuche und Laborexperimente kann fruchtbare Möglichkeiten zur Vertiefung einer Untersuchung für diejenigen aufzeigen, die besser ausgebildet oder über die nötigen Ressourcen verfügen, sowie die Veröffentlichung kleiner Datenmengen und statistischer Ergebnisse.
Zusammenfügen von Anmerkungen mit RRIDs und dem ORCID Eine einzigartige Forscherkennung kann die biomedizinische Forschung verändern, indem ein ineinandergreifender und interoperabler Satz von Open-Source-Forschungsressourcen geschaffen wird, die Präzision in Bezug auf Standort, Zuordnung und Referenz bieten.
Überblick über die Zusammenarbeit mit Partnern
Die Partner werden bei der Integration zusammenarbeiten ORCID Mitwirkende-IDs in Annotationen und in Herausgeber-Workflows zusammen mit RRIDs integrieren und wissenschaftliche Annotationsaktivitäten im veröffentlichen ORCID Schnittstelle.
Unser Vorschlag verbindet Identifikatoren und von Forschern geleitete Kommentare auf eine Art und Weise, von der wir hoffen, dass sie Forschungsaktivitäten und die Auseinandersetzung mit wissenschaftlichen Ergebnissen im Allgemeinen erleichtert. Darüber hinaus wird dieser Vorschlag die Messung und Zitierung der Annotationsaktivität von Forschern zu wissenschaftlichen Forschungsobjekten ermöglichen, wodurch es möglich wird, diese Aktivität in die Berichterstattung über institutionelle und individuelle Forschungsaktivitäten einzubeziehen.
Das letzte Hauptziel unseres Vorschlags besteht darin, die allgemeine Einführung von Annotationen in den Biowissenschaften zu erleichtern. Eine frühe Aktivität wird darin bestehen, Benutzergruppen und Partner zu organisieren und Input von ihnen zu sammeln, um ihre Bedürfnisse besser zu verstehen und Ergebnisse zu entwickeln, um diese zu erfüllen. Wir freuen uns über das Interesse anderer, die das Potenzial dieser Technologie erkennen, und sind bestrebt, mit gleichgesinnten Organisationen und Einzelpersonen zusammenzuarbeiten.
Über die Partner
Hypothese
Das Hypothes.is-Projekt ist ein in San Francisco ansässiges, gemeinnütziges Softwareunternehmen, das sich darauf konzentriert, Menschen durch eine gemeinsame, kollaborative Diskussionsebene über das gesamte Wissen in die Lage zu versetzen, gemeinsam effektiver zu argumentieren.
Das Neuroscience Information Framework
Das Neuroscience Information Framework (NIF) an der UCSD ist eine Initiative des NIH Blueprint for Neuroscience Research, das eine offene Netzwerkumgebung bietet, die Forscher zum Durchsuchen eines Inventars webbasierter neurowissenschaftlicher Datenquellen, Forschungsmaterialien und Tools nutzen können. NIF verfügt über drei Hauptindizes: das Register, einen Katalog mit 12,000 Ressourcen (einschließlich 2500 Datenbanken); die Open-Access-Untergruppe der Literatur-, PubMed- und PubMed-Zentraldienste der National Library of Medicine; und die Data Federation, eine Gruppe von 200 Datenbanken, die rund 850 Millionen Datensätze offenlegen. NIF und Hypothes.is werden zusammenarbeiten, um Dienste zu entwickeln, um Klartextbeschreibungen im neuen Web Annotation-Standard verfügbar zu machen. Weitere Informationen zu NIF finden Sie unter https://www.neuinfo.org/.
ORCID
Das ORCID Die Mission besteht darin, das Problem der Namensmehrdeutigkeit in der wissenschaftlichen Kommunikation zu lösen. Zu diesem Zweck, ORCID stellt ein offenes Register eindeutiger und dauerhafter Identifikatoren für Forscher bereit und arbeitet mit der Community zusammen, um sicherzustellen, dass diese Identifikatoren während der Forschungsabläufe erfasst werden und Teil der Forschungsarbeiten und -aktivitäten werden. ORCIDDer Schwerpunkt liegt auf der Einbindung von Forschern, der Bereitstellung offener APIs und Softwarecodes sowie der Zusammenarbeit mit anderen Standardisierungsorganisationen und Initiativen für persistente Identifikatoren, einschließlich RRID ORCID ein leistungsstarkes Tool zur Verknüpfung von Forschern mit ihrer Annotationsaktivität.
Mit Beiträgen von:
Dan Whaley, Hypothes.is
Maryann Martone, UCSD
Laurel Haak, ORCID
Peter Brantley, NYPL