The Hipotez.is Projesi adresindeki ortaklarla birlikte Nörobilim Bilgi Çerçevesi (NIF) ve ORCID biyotıbba ek açıklama getirmesi için Leona M. ve Harry B. Helmsley Charitable Trust tarafından 3 yıllık, 2.2 milyon dolarlık bir hibe ile ödüllendirildi. Web ek açıklamaları, bir dijital notlar için yeni standart mevcut bir çevrimiçi kaynağa ek olarak, akademik yayıncılıktan eğitime, açık hükümete ve gazeteciliğe kadar çeşitli alanlarda dönüştürücü olduğunu kanıtlıyor. Bu proje, bu ilerlemeleri benzersiz bir etki yaratma potansiyeline sahip oldukları biyotıbba getirecek.
Biyomedikal araştırmacıları, hızla büyüyen bir literatür ve veri yığınıyla karşı karşıyadır, ancak bireysel bileşenleri dijital ve etkileşimli bir şekilde ayıklamak, alıntılamak ve paylaşmak hala zor. Küçük veri kümelerine, gömülü şekillere ve geniş çapta kataloglanmış araştırma nesnelerine (proteinler, yapılar ve türler gibi) yapılan atıfların, katkıda bulunanlar veya yorumlarla ilişkilendirilmesi, araştırmacıların ortaya çıkması ve açık web araması yoluyla geri alınması hala zordur. Sonuç olarak, araştırmacılar, etraflarındaki bilgileri etkili bir şekilde keşfetme ve kullanma yeteneklerinde engellenir.
2014 yılında Helmsley Trust yeni bir program alanı oluşturdu, Biyomedikal Araştırma Altyapısı (BRI), biyotıpta işbirlikçi ve işbirlikçi araştırma için altyapıyı geliştirmek. Dünyadaki en büyük özel biyomedikal araştırma fon sağlayıcılarından biri olarak, biyotıptaki araştırmayı sınırlayan verimsizliklerin ve caydırıcı unsurların son derece farkındalar. Bu yeni program alanı, açık teknolojilerin oluşturulması ve benimsenmesi yoluyla mümkün olan yerlerde araştırma işbirliğinin önündeki engelleri kaldırmaya çalışmaktadır.
Bu hibe, yeni program ofisi tarafından Mozilla Science Lab ve Sage Bionetworks'e verilen ödüllerle birlikte açılış turlarında yapılan üç hibeden biridir.
Açıklama Potansiyeli
Ek açıklamalar, araştırmacıların web içeriği hakkındaki düşüncelerini ve notlarını düzenlemeleri için güçlü ve yeni bir yol sağlar. Bunlar bire bir, küçük gruplar halinde veya tercihe göre diğer ortak çalışanlarla herkese açık olarak paylaşılabilir. Ek açıklamalar, kalite sorunları hakkında uyarıda bulunabilir, deneysel tekniklerde değişiklikler önerebilir veya yalnızca yararlı arka plan bilgileri sağlayabilir.
Araştırma nesneleri için yeni tanımlayıcılar gibi son gelişmeler (Araştırma Kaynağı Tanımlayıcıları, diğer adıyla RRID'ler), araştırmacı tanımlayıcıları (ORCID) ve yeni açık web açıklama standardı (W3C), biyomedikal araştırmalarda bilginin keşfedilebilirliğini, transferini, tekrar üretilebilirliğini ve işbirliğini artırmak için birleşiyor.
Halihazırda, UCSD'deki Neuroscience Information Framework (NIF) gibi projeler, yayınlanan makaleler ve araştırma nesneleri veya protokolleri arasındaki ilişkileri bir araya getirerek milyonlarca açıklamayı gün yüzüne çıkardı. Bu ek açıklamalar, PubMed gibi literatür keşif hizmetleriyle paylaşılmıştır, ancak keşfedilmeleri hala zordur. Bu ilişkilendirmeleri açık ek açıklama modeline taşımak, onları Hypothes.is ve diğerleri gibi standartlara uyumlu istemciler de dahil olmak üzere çeşitli yaklaşımlar yoluyla yeniden kullanım, tüketim ve görüntüleme için uygun hale getirir.
Ek açıklamalar, yeni mikro veya "nano yayın" paradigmasının bir örneğidir — araştırma iletişimine şimdiye kadar mümkün olmayan daha ayrıntılı bir yaklaşım sağlayan yeni yayınlama yetenekleri. Mikro yayıncılık, iptal edilen çabalar veya başarısız protokoller hakkında ayrıntılar da dahil olmak üzere, deneyimin daha hızlı yayılmasına izin verir. Küçük veya bir defaya mahsus denemelerin ve tezgah deneylerinin gelişmiş görünürlüğü, daha iyi eğitilmiş veya kaynaklara sahip olanlar için bir araştırmayı derinleştirmek için verimli yollar önerebilir ve bunun yanı sıra küçük miktarlarda veri ve istatistiksel sonuçlar da verebilir.
Ek açıklamaları RRID'lerle birleştirme ve ORCID benzersiz araştırmacı tanımlayıcısı, konum, nitelik ve referansta kesinlik getiren birbirine bağlı ve birlikte çalışabilir bir açık kaynak araştırma varlıkları seti oluşturarak biyomedikal araştırmayı dönüştürebilir.
İş ortağı işbirliğine genel bakış
Ortaklar birleştirmek için işbirliği yapacak ORCID katkıda bulunan tanımlayıcıları ek açıklamalara ve yayıncı iş akışlarına RRID'lerle birlikte eklemenin yanı sıra ORCID Arayüz aynı
Teklifimiz, tanımlayıcıları ve araştırmacı tarafından yönlendirilen yorumları, araştırma faaliyetini ve genel olarak akademik çıktıyla etkileşimi kolaylaştıracağını umduğumuz bir şekilde bir araya getiriyor. Ek olarak, bu öneri, bilimsel araştırma nesnelerinin araştırmacıları tarafından açıklama etkinliğinin ölçülmesini ve alıntılanmasını sağlayarak, bu tür etkinliğin kurumsal ve bireysel araştırma etkinliği raporlamasına dahil edilmesini mümkün kılacaktır.
Teklifimizin son temel amacı, ek açıklamanın genel olarak biyobilimlerde benimsenmesini kolaylaştırmaktır. Erken bir faaliyet, ihtiyaçlarını daha iyi anlamak ve bunları karşılamak için çıktıları geliştirmek üzere kullanıcı gruplarını ve ortakları organize etmek ve onlardan girdi toplamak olacaktır. Bu teknolojinin potansiyelini gören ve benzer düşüncelere sahip kuruluşlar ve kişilerle güçlerini birleştirme konusunda istekli olan diğerlerinin ilgisini memnuniyetle karşılıyoruz.
Ortaklar hakkında
Hipotez
Hypothes.is Projesi, San Francisco merkezli, kar amacı gütmeyen bir yazılım şirketidir ve tüm bilgiler üzerinde paylaşılan, işbirlikçi bir tartışma katmanı aracılığıyla insanların birlikte daha etkili bir şekilde akıl yürütmelerini sağlamaya odaklanmıştır.
Nörobilim Bilgi Çerçevesi
UCSD'deki Nörobilim Bilgi Çerçevesi (NIF), araştırmacıların Web tabanlı nörobilim veri kaynaklarının, araştırma materyallerinin ve araçlarının bir envanterini aramak için kullanabilecekleri açık bir ağ ortamı sağlayan NIH Sinirbilim Araştırması Planı'nın bir girişimidir. NIF'in üç ana dizini vardır: Kayıt Defteri, 12,000 kaynaktan oluşan bir katalog (2500 veritabanı dahil); Ulusal Tıp Kütüphanesi'ndeki Literatür, PubMed ve PubMed Central hizmetlerinin açık erişim alt kümesi; ve yaklaşık 200 milyon veri kaydını ifşa eden 850 veritabanından oluşan bir grup olan Data Federation. NIF ve Hypothes.is, gelişmekte olan Web Ek Açıklama standardında düz metin açıklamalarını ortaya çıkaran hizmetler geliştirmek için işbirliği yapacak. NIF hakkında daha fazla bilgi için bkz. https://www.neuinfo.org/.
ORCID
The ORCID misyonu, akademik iletişimde isim belirsizliği sorununu çözmektir. Bu amaçla, ORCID araştırmacılar için benzersiz ve kalıcı tanımlayıcıların açık bir kaydını sağlar ve bu tanımlayıcıların araştırma iş akışları sırasında toplanmasını ve araştırma işlerinin ve faaliyetlerinin bir parçası haline gelmesini sağlamak için toplulukla birlikte çalışır. ORCID'nin araştırmacı katılımına, açık API'lerin ve yazılım kodunun sağlanmasına ve diğer standart kuruluşlarıyla işbirliklerine ve RRID dahil kalıcı tanımlayıcı girişimlerine odaklanması, ORCID araştırmacıları ek açıklama etkinlikleriyle ilişkilendirmek için güçlü bir araç.
Katkılarıyla:
Dan Whaley, Hipotez.is
Maryann Martone, UCSD
Defne Haak, ORCID
Peter Brantley, NYPL