Команда Проект Hypothes.is вместе с партнерами по Нейронаучная информационная структура (NIF) и ORCID получил трехлетний грант в размере 3 миллиона долларов от благотворительного фонда Леоны М. и Гарри Б. Хелмсли на создание аннотаций в области биомедицины. Веб-аннотации, a новый стандарт цифровых заметок помимо существующего онлайн-ресурса, они оказываются трансформирующими в различных областях, от научных публикаций до образования, открытого правительства и журналистики. Этот проект привнесет эти достижения в биомедицину, где они могут оказать уникальное влияние.
Биомедицинские исследователи сталкиваются с быстро растущим объемом литературы и данных, однако извлечение, цитирование и совместное использование отдельных компонентов в цифровом и интерактивном формате остается труднодостижимым. Ссылки на небольшие наборы данных, встроенные рисунки и широко каталогизированные исследовательские объекты (такие как белки, структуры и виды) по-прежнему трудно связать с участниками или комментариями, всплывают для исследователей и извлекаются с помощью открытого веб-поиска. Следовательно, исследователи не могут эффективно обнаруживать и использовать информацию вокруг них.
В 2014 году фонд Helmsley Trust создал новую программную область: Инфраструктура биомедицинских исследований (BRI), чтобы улучшить инфраструктуру для совместных и совместных исследований в области биомедицины. Являясь одним из крупнейших частных спонсоров биомедицинских исследований в мире, они хорошо осведомлены о неэффективности и сдерживающих факторах биомедицины, которые ограничивают исследования. Эта новая программная область направлена на устранение препятствий на пути сотрудничества в исследованиях, где это возможно, путем создания и внедрения открытых технологий.
Этот грант - один из трех, предоставленных новым программным офисом в их первом раунде, наряду с наградами Mozilla Science Lab и Sage Bionetworks.
Возможности аннотации
Аннотации предоставляют исследователям новый мощный способ систематизировать свои мысли и заметки о веб-контенте. Их можно использовать один на один, в небольших группах или публично с другими соавторами по желанию. Аннотации могут предупреждать о проблемах с качеством, предлагать модификации экспериментальных методов или просто предоставлять полезную справочную информацию.
Последние разработки, такие как новые идентификаторы объектов исследования (Идентификаторы исследовательских ресурсов, иначе RRID), идентификаторы исследователя (ORCID) и новый стандарт открытых веб-аннотаций (W3C) объединяются, чтобы повысить доступность, передачу, воспроизводимость знаний и сотрудничество в рамках биомедицинских исследований.
Такие проекты, как Neuroscience Information Framework (NIF) в UCSD, уже выявили миллионы аннотаций путем объединения ассоциаций между опубликованными статьями и исследовательскими объектами или протоколами. Эти аннотации были предоставлены службам поиска литературы, таким как PubMed, но их по-прежнему трудно обнаружить. Перенос этих ассоциаций в открытую модель аннотаций делает их доступными для повторного использования, использования и отображения с помощью различных подходов, включая соответствующие стандартам клиенты, такие как Hypothes.is и другие.
Аннотации - это пример новой парадигмы микро или «нанопубликаций» - новых возможностей публикации, которые позволяют применять более детальный подход к исследовательской коммуникации, что было невозможно до сих пор. Микропубликация позволяет более быстро распространять опыт, в том числе подробности о прерванных попытках или неудачных протоколах. Повышенная наглядность небольших или разовых испытаний и стендовых экспериментов может предложить плодотворные пути для углубления расследования для тех, кто лучше обучен или обеспечен ресурсами, наряду с выпуском небольших объемов данных и статистических результатов.
Объединение аннотаций с RRID и ORCID уникальный идентификатор исследователя может трансформировать биомедицинские исследования, создавая взаимосвязанный и взаимодействующий набор исследовательских ресурсов с открытым исходным кодом, обеспечивающих точность определения местоположения, атрибуции и ссылки.
Обзор партнерского сотрудничества
Партнеры будут сотрудничать, чтобы включить ORCID идентификаторы участников в аннотации и в рабочие процессы издателя вместе с RRID, а также для раскрытия активности научных аннотаций в ORCID интерфейс.
Наше предложение объединяет идентификаторы и комментарии исследователей таким образом, что, как мы надеемся, будет способствовать исследовательской деятельности и взаимодействию с научными результатами в целом. Кроме того, это предложение позволит исследователям объектов научных исследований измерять и цитировать аннотационную активность, что дает возможность включать такую активность в отчеты о исследовательской деятельности организаций и отдельных лиц.
Последняя ключевая цель нашего предложения - облегчить принятие аннотаций в биологических науках. Первым делом будет организация и сбор информации от групп пользователей и партнеров, чтобы лучше понять их потребности и разработать результаты для их удовлетворения. Мы приветствуем интерес других людей, которые видят потенциал этой технологии, и готовы объединить усилия с единомышленниками и организациями и отдельными лицами.
О партнерах
Гипотезы.is
Проект Hypothes.is - это некоммерческая софтверная компания из Сан-Франциско, деятельность которой направлена на то, чтобы дать людям возможность более эффективно рассуждать вместе с помощью общего уровня совместного обсуждения всех знаний.
Информационная база нейробиологии
Информационная структура по нейробиологии (NIF) в UCSD - это инициатива NIH Blueprint for Neuroscience Research, которая предоставляет исследователям открытую сетевую среду, которую исследователи могут использовать для поиска в перечне сетевых источников данных, исследовательских материалов и инструментов. NIF имеет три основных индекса: Registry, каталог из 12,000 2500 ресурсов (включая 200 баз данных); подмножество открытого доступа к службам литературы, PubMed и PubMed Central в Национальной медицинской библиотеке; и Data Federation, группа из 850 баз данных, которые содержат около XNUMX миллионов записей данных. NIF и Hypothes.is будут сотрудничать в разработке сервисов для предоставления текстовых описаний в появляющемся стандарте Web Annotation. Для получения дополнительной информации о NIF см. https://www.neuinfo.org/.
ORCID
Команда ORCID миссия состоит в том, чтобы решить проблему неоднозначности имени в научных коммуникациях. К этому концу, ORCID предоставляет открытый реестр уникальных и постоянных идентификаторов для исследователей и работает с сообществом, чтобы гарантировать, что эти идентификаторы собираются во время исследовательских рабочих процессов и становятся частью исследовательских работ и мероприятий. ORCIDОриентация на участие исследователей, предоставление открытых API-интерфейсов и программного кода, а также сотрудничество с другими организациями по стандартизации и инициативы по постоянным идентификаторам, включая RRID, делает ORCID мощный инструмент для связи исследователей с их аннотационной деятельностью.
При участии:
Дэн Уэйли, Hypothes.is
Марианн Мартоне, UCSD
Лорел Хаак, ORCID
Питер Брантли, NYPL