Le Progetto Hypothes.is insieme ai partner del Quadro informativo sulle neuroscienze (NIF) e ORCID ha ricevuto una sovvenzione di 3 anni da 2.2 milioni di dollari da Leona M. e Harry B. Helmsley Charitable Trust per portare annotazioni nella biomedicina. Annotazioni Web, a nuovo standard per le note digitali oltre a una risorsa online esistente, si stanno rivelando trasformative in diversi campi dall'editoria accademica all'istruzione, al governo aperto e al giornalismo. Questo progetto porterà questi progressi alla biomedicina, dove hanno il potenziale per avere un impatto unico.
I ricercatori biomedici si trovano di fronte a un corpus di letteratura e dati in rapida crescita, ma l'estrazione, la citazione e la condivisione di singoli componenti in modo digitale e interattivo rimane sfuggente. I riferimenti a piccoli set di dati, figure incorporate e oggetti di ricerca ampiamente catalogati (come proteine, strutture e specie) rimangono difficili da associare a contributori o commenti, affiorano ai ricercatori e recuperano attraverso la ricerca web aperta. Di conseguenza, i ricercatori sono ostacolati nella loro capacità di scoprire e sfruttare efficacemente le informazioni che li circondano.
Nel 2014, l'Helmsley Trust ha creato una nuova area di programma, Infrastruttura di ricerca biomedica (BRI), per migliorare l'infrastruttura per la ricerca collaborativa e cooperativa in biomedicina. Essendo uno dei maggiori finanziatori privati della ricerca biomedica nel mondo, sono profondamente consapevoli delle inefficienze e dei disincentivi nella biomedicina che limitano la ricerca. Questa nuova area del programma si sforza di rimuovere gli ostacoli alla collaborazione nella ricerca, ove possibile, attraverso la creazione e l'adozione di tecnologie aperte.
Questa sovvenzione è una delle tre concesse dal nuovo ufficio del programma nella fase inaugurale, insieme ai premi per il Mozilla Science Lab e Sage Bionetworks.
Il potenziale dell'annotazione
Le annotazioni forniscono un nuovo e potente modo per i ricercatori di organizzare i loro pensieri e le note sui contenuti web. Questi possono essere condivisi uno a uno, in piccoli gruppi o pubblicamente con altri collaboratori a piacimento. Le annotazioni possono segnalare problemi di qualità, suggerire modifiche alle tecniche sperimentali o semplicemente fornire utili informazioni di base.
Sviluppi recenti come nuovi identificatori per oggetti di ricerca (Identificatori delle risorse di ricerca, alias RRID), identificatori del ricercatore (ORCID) e una nuova standard di annotazione web aperto (W3C), stanno convergendo per aumentare la scoperta, il trasferimento, la riproducibilità e la collaborazione della conoscenza nell'ambito della ricerca biomedica.
Già, progetti come il Neuroscience Information Framework (NIF) dell'UCSD hanno fatto emergere milioni di annotazioni aggregando associazioni tra documenti pubblicati e oggetti o protocolli di ricerca. Queste annotazioni sono state condivise con i servizi di scoperta della letteratura, come PubMed, ma rimangono difficili da scoprire. La migrazione di queste associazioni nel modello di annotazione aperta le rende disponibili per il riutilizzo, il consumo e la visualizzazione attraverso una varietà di approcci, inclusi client conformi agli standard come Hypothes.is e altri.
Le annotazioni sono un esempio del nuovo paradigma della micro o "nanopubblicazione" - nuove capacità di pubblicazione che consentono un approccio più granulare alla comunicazione della ricerca che non è stato possibile fino ad ora. La micropubblicazione consente una più rapida diffusione dell'esperienza, compresi i dettagli sugli sforzi abortiti o sui protocolli falliti. La maggiore visibilità di prove piccole o una tantum ed esperimenti da banco può suggerire strade fruttuose per approfondire un'indagine per coloro che sono meglio formati o dotati di risorse, insieme al rilascio di piccole quantità di dati e risultati statistici.
Unione di annotazioni con RRID e il ORCID l'identificatore univoco del ricercatore può trasformare la ricerca biomedica creando un insieme interoperabile e interoperabile di risorse di ricerca open source che apportano precisione nella posizione, nell'attribuzione e nei riferimenti.
Panoramica della collaborazione con i partner
I partner collaboreranno per incorporare ORCID identificatori dei contributori nelle annotazioni e nei flussi di lavoro degli editori insieme ai RRID, oltre a esporre l'attività di annotazione accademica nel ORCID interfaccia.
La nostra proposta unisce identificatori e commenti guidati dal ricercatore in un modo che speriamo faciliti l'attività di ricerca e l'impegno con la produzione accademica in generale. Inoltre, questa proposta consentirà la misurazione e la citazione dell'attività di annotazione da parte dei ricercatori di oggetti di ricerca accademica, rendendo possibile includere tale attività nella rendicontazione delle attività di ricerca istituzionali e individuali.
L'ultimo obiettivo chiave della nostra proposta è facilitare l'adozione dell'annotazione in generale nelle bioscienze. Una delle prime attività sarà quella di organizzare e raccogliere input da gruppi di utenti e partner per comprendere meglio le loro esigenze ed evolvere i risultati per soddisfarle. Accogliamo con favore l'interesse di altri che vedono il potenziale di questa tecnologia e sono desiderosi di unire le forze con organizzazioni e individui che la pensano allo stesso modo.
Informazioni sui partner
Ipotesi
Il progetto Hypothes.is è una società di software senza scopo di lucro con sede a San Francisco focalizzata sul consentire agli esseri umani di ragionare in modo più efficace insieme attraverso un livello di discussione condiviso e collaborativo su tutta la conoscenza.
Il quadro informativo delle neuroscienze
Il Neuroscience Information Framework (NIF) dell'UCSD è un'iniziativa del NIH Blueprint for Neuroscience Research che fornisce un ambiente di rete aperto che i ricercatori possono utilizzare per cercare un inventario di fonti di dati, materiali di ricerca e strumenti di neuroscienza basati sul Web. NIF ha tre indici principali: il Registro, un catalogo di 12,000 risorse (incluse 2500 banche dati); il sottoinsieme ad accesso libero dei servizi Letteratura, PubMed e PubMed Central presso la Biblioteca Nazionale di Medicina; e la Data Federation, un gruppo di 200 database che espongono circa 850 milioni di record di dati. NIF e Hypothes.is collaboreranno per sviluppare servizi per esporre descrizioni in testo semplice nell'emergente standard Web Annotation. Per ulteriori informazioni su NIF, vedere https://www.neuinfo.org/.
ORCID
Le ORCID la missione è quella di risolvere il problema dell'ambiguità del nome nelle comunicazioni accademiche. A questa fine, ORCID fornisce un registro aperto di identificatori univoci e persistenti per i ricercatori e collabora con la comunità per garantire che questi identificatori vengano raccolti durante i flussi di lavoro di ricerca e diventino parte dei lavori e delle attività di ricerca. ORCIDl'attenzione al coinvolgimento dei ricercatori, la fornitura di API aperte e codice software e le collaborazioni con altre organizzazioni di standard e iniziative di identificatori persistenti, tra cui RRID, rende ORCID un potente strumento per collegare i ricercatori con la loro attività di annotazione.
Con il contributo di:
Dan Whaley, Ipotesi.is
Maryann Martone, UCSD
Laurel Haak, ORCID
Peter Brantley, NYPL
