La Projet Hypothes.is avec des partenaires de la Cadre d'information en neurosciences (NIF) et ORCID a reçu une subvention de 3 millions de dollars sur 2.2 ans du Leona M. et Harry B. Helmsley Charitable Trust pour apporter des annotations à la biomédecine. annotations Web, un nouvelle norme pour les notes numériques en plus d'une ressource en ligne existante, s'avèrent transformateurs dans divers domaines, de l'édition savante à l'éducation, au gouvernement ouvert et au journalisme. Ce projet apportera ces avancées à la biomédecine, où elles ont le potentiel d'avoir un impact unique.
Les chercheurs biomédicaux sont confrontés à un corpus de littérature et de données en croissance rapide, mais l'extraction, la citation et le partage de composants individuels de manière numérique et interactive restent insaisissables. Les références à de petits ensembles de données, à des figures intégrées et à des objets de recherche largement catalogués (tels que des protéines, des structures et des espèces) restent difficiles à associer aux contributeurs ou aux commentaires, font surface aux chercheurs et récupèrent via une recherche Web ouverte. Par conséquent, les chercheurs sont entravés dans leur capacité à découvrir et à exploiter efficacement les informations qui les entourent.
En 2014, le Helmsley Trust a créé un nouveau domaine de programme, Infrastructure de recherche biomédicale (BRI), pour améliorer l'infrastructure de la recherche collaborative et coopérative en biomédecine. En tant que l'un des plus grands bailleurs de fonds privés de la recherche biomédicale au monde, ils sont parfaitement conscients des inefficacités et des contre-incitations en biomédecine qui limitent la recherche. Ce nouveau domaine de programme s'efforce d'éliminer les obstacles à la collaboration en matière de recherche lorsque cela est possible grâce à la création et à l'adoption de technologies ouvertes.
Cette subvention est l'une des trois accordées par le nouveau bureau du programme lors de son premier cycle, ainsi que des récompenses au Mozilla Science Lab et à Sage Bionetworks.
Le potentiel de l'annotation
Les annotations offrent aux chercheurs un nouveau moyen puissant d'organiser leurs réflexions et leurs notes sur le contenu Web. Ceux-ci peuvent être partagés individuellement, en petits groupes ou publiquement avec d'autres collaborateurs selon vos préférences. Les annotations peuvent mettre en garde contre des problèmes de qualité, suggérer des modifications aux techniques expérimentales ou simplement fournir des informations contextuelles utiles.
Des développements récents tels que de nouveaux identifiants pour les objets de recherche (Identificateurs de ressources de recherche, alias RRID), identifiants de chercheur (ORCID) et une nouvelle norme d'annotation Web ouverte (W3C), convergent pour accroître la découvrabilité, le transfert, la reproductibilité et la collaboration des connaissances au sein de la recherche biomédicale.
Déjà, des projets tels que le Neuroscience Information Framework (NIF) à l'UCSD ont fait apparaître des millions d'annotations en agrégeant des associations entre des articles publiés et des objets ou protocoles de recherche. Ces annotations ont été partagées avec des services de découverte de la littérature, comme PubMed, mais elles restent difficiles à découvrir. La migration de ces associations dans le modèle d'annotation ouvert les rend disponibles pour la réutilisation, la consommation et l'affichage via une variété d'approches, y compris des clients conformes aux normes comme Hypothes.is et d'autres.
Les annotations sont un exemple du nouveau paradigme de la micro ou de la « nanopublication » — de nouvelles capacités de publication qui permettent une approche plus granulaire de la communication de recherche qui n'était pas possible jusqu'à présent. La micropublication permet une diffusion plus rapide de l'expérience, y compris des détails sur les efforts avortés ou les protocoles infructueux. La visibilité accrue d'essais de petite taille ou ponctuels et d'expériences sur banc peut suggérer des voies fructueuses pour approfondir une enquête pour ceux qui sont mieux formés ou dotés de ressources, ainsi que la publication de petites quantités de données et de résultats statistiques.
Rassembler les annotations avec les RRID et les ORCID L'identifiant unique du chercheur peut transformer la recherche biomédicale en créant un ensemble imbriqué et interopérable d'actifs de recherche open source qui apportent une précision dans l'emplacement, l'attribution et la référence.
Aperçu de la collaboration avec les partenaires
Les partenaires collaboreront pour incorporer ORCID identifiants de contributeur dans les annotations et dans les flux de travail des éditeurs avec les RRID, ainsi que l'exposition de l'activité d'annotation savante dans le ORCID interface.
Notre proposition rassemble des identifiants et des commentaires guidés par les chercheurs d'une manière qui, nous l'espérons, facilitera l'activité de recherche et l'engagement avec la production scientifique en général. En outre, cette proposition permettra la mesure et la citation de l'activité d'annotation par les chercheurs d'objets de recherche savante, permettant d'inclure cette activité dans les rapports d'activité de recherche institutionnels et individuels.
Le dernier objectif clé de notre proposition est de faciliter l'adoption de l'annotation en général dans les biosciences. Une des premières activités consistera à organiser et à recueillir les commentaires des groupes d'utilisateurs et des partenaires pour mieux comprendre leurs besoins et faire évoluer les livrables pour y répondre. Nous accueillons l'intérêt d'autres personnes qui voient le potentiel de cette technologie et sommes impatients de joindre nos forces avec des organisations et des individus partageant les mêmes idées.
À propos des partenaires
Hypothèse
Le projet Hypothes.is est une société de logiciels à but non lucratif basée à San Francisco qui vise à permettre aux humains de raisonner plus efficacement ensemble grâce à une couche de discussion partagée et collaborative sur toutes les connaissances.
Le cadre d'information en neurosciences
Le Neuroscience Information Framework (NIF) de l'UCSD est une initiative du NIH Blueprint for Neuroscience Research qui fournit un environnement en réseau ouvert que les chercheurs peuvent utiliser pour rechercher un inventaire de sources de données, de matériel de recherche et d'outils neuroscientifiques basés sur le Web. Le NIF comporte trois principaux index : le Registre, un catalogue de 12,000 2500 ressources (dont 200 bases de données) ; le sous-ensemble en libre accès des services Literature, PubMed et PubMed Central de la National Library of Medicine ; et la Data Federation, un groupe de 850 bases de données qui exposent quelque XNUMX millions d'enregistrements de données. NIF et Hypothes.is collaboreront pour développer des services permettant d'exposer des descriptions en texte brut dans la norme émergente d'annotation Web. Pour plus d'informations sur le NIF, voir https://www.neuinfo.org/.
ORCID
La ORCID mission est de résoudre le problème d'ambiguïté des noms dans les communications savantes. À cette fin, ORCID fournit un registre ouvert d'identifiants uniques et persistants pour les chercheurs, et travaille avec la communauté pour s'assurer que ces identifiants sont collectés pendant les flux de travail de recherche et font partie des travaux et activités de recherche. ORCIDl'accent mis sur l'engagement des chercheurs, la fourniture d'API ouvertes et de code logiciel, et les collaborations avec d'autres organisations de normalisation et les initiatives d'identification persistante, y compris RRID, rend ORCID un outil puissant pour relier les chercheurs à leur activité d'annotation.
Avec les contributions de:
Dan Whaley, Hypothèses.is
Maryann Martone, UCSD
Laurel Haak, ORCID
Peter Brantley, NYPL