El Proyecto Hypothes.is junto con socios en el Marco de información de neurociencia (NIF) y ORCID Leona M. y Harry B. Helmsley Charitable Trust le otorgaron una subvención de $ 3M por 2.2 años para aportar una nota a la biomedicina. Anotaciones web, un nuevo estándar para notas digitales además de un recurso en línea existente, están demostrando ser transformadores en diversos campos, desde la publicación académica hasta la educación, el gobierno abierto y el periodismo. Este proyecto llevará estos avances a la biomedicina, donde tienen el potencial de generar un impacto único.
Los investigadores biomédicos se enfrentan a un cuerpo de literatura y datos en rápido crecimiento, pero extraer, citar y compartir componentes individuales de una manera digital e interactiva sigue siendo difícil de alcanzar. Las referencias a pequeños conjuntos de datos, figuras incrustadas y objetos de investigación ampliamente catalogados (como proteínas, estructuras y especies) siguen siendo difíciles de asociar con contribuyentes o comentarios, emerger a los investigadores y recuperar a través de una búsqueda web abierta. En consecuencia, los investigadores se ven obstaculizados en su capacidad para descubrir de manera efectiva y aprovechar la información que los rodea.
En 2014, Helmsley Trust creó una nueva área de programas, Infraestructura de investigación biomédica (BRI), para mejorar la infraestructura para la investigación colaborativa y cooperativa en biomedicina. Como uno de los mayores patrocinadores privados de investigación biomédica en el mundo, son muy conscientes de las ineficiencias y desincentivos en biomedicina que limitan la investigación. Esta nueva área del programa se esfuerza por eliminar los obstáculos a la colaboración en la investigación, siempre que sea posible, mediante la creación y adopción de tecnologías abiertas.
Esta subvención es una de las tres otorgadas por la nueva oficina del programa en su ronda inaugural, junto con premios al Mozilla Science Lab y Sage Bionetworks.
El potencial de la anotación
Las anotaciones proporcionan una nueva y poderosa forma para que los investigadores organicen sus pensamientos y notas sobre el contenido web. Estos se pueden compartir uno a uno, en pequeños grupos o públicamente con otros colaboradores según se prefiera. Las anotaciones pueden advertir sobre problemas de calidad, sugerir modificaciones a técnicas experimentales o simplemente proporcionar información de fondo útil.
Desarrollos recientes, como nuevos identificadores para objetos de investigación (Identificadores de recursos de investigación, también conocido como RRID), identificadores de investigadores (ORCID) y un nuevo estándar de anotaciones web abiertas (W3C), están convergiendo para aumentar la capacidad de descubrimiento, transferencia, reproducibilidad y colaboración del conocimiento dentro de la investigación biomédica.
Ya, proyectos como el Marco de Información de Neurociencias (NIF) en UCSD han surgido millones de anotaciones al agregar asociaciones entre artículos publicados y objetos o protocolos de investigación. Estas anotaciones se han compartido con servicios de descubrimiento de literatura, como PubMed, pero siguen siendo difíciles de descubrir. La migración de estas asociaciones al modelo de anotación abierta las hace disponibles para su reutilización, consumo y visualización a través de una variedad de enfoques, incluidos clientes que cumplen con los estándares como Hypothes.is y otros.
Las anotaciones son un ejemplo del nuevo paradigma de micro o "nanopublicación": nuevas capacidades de publicación que permiten un enfoque más granular de la comunicación de la investigación que no ha sido posible hasta ahora. La micropublicación permite una difusión más rápida de la experiencia, incluidos los detalles sobre los esfuerzos frustrados o los protocolos fallidos. La visibilidad mejorada de ensayos pequeños o únicos y experimentos de banco puede sugerir vías fructíferas para profundizar una investigación para aquellos mejor capacitados o con recursos, junto con la publicación de pequeñas cantidades de datos y resultados estadísticos.
Unir anotaciones con RRID y el ORCID El identificador único de investigador puede transformar la investigación biomédica al crear un conjunto de activos de investigación de código abierto interconectados e interoperables que aportan precisión en la ubicación, atribución y referencia.
Descripción general de la colaboración de socios
Los socios colaborarán para incorporar ORCID identificadores de contribuyentes en anotaciones y en flujos de trabajo de editor junto con RRID, así como exponer la actividad de anotaciones académicas en el ORCID de la interfaz del.
Nuestra propuesta une identificadores y comentarios impulsados por investigadores de una manera que esperamos que facilite la actividad de investigación y el compromiso con la producción académica en general. Además, esta propuesta permitirá la medición y citación de la actividad de anotación por parte de los investigadores de objetos de investigación académica, haciendo posible incluir dicha actividad en los informes de actividades de investigación institucionales e individuales.
El último objetivo clave de nuestra propuesta es facilitar la adopción de la anotación en general en las biociencias. Una de las primeras actividades será organizar y recopilar aportaciones de grupos de usuarios y socios para comprender mejor sus necesidades y desarrollar productos para satisfacerlas. Agradecemos el interés de otros que ven el potencial de esta tecnología y están ansiosos por unir fuerzas con organizaciones e individuos de ideas afines.
Sobre los socios
Hipótesis
The Hypothes.is Project es una empresa de software sin fines de lucro con sede en San Francisco que se enfoca en permitir que los humanos razonen juntos de manera más efectiva a través de una capa de discusión compartida y colaborativa sobre todo el conocimiento.
El marco de información de neurociencia
El Marco de Información de Neurociencias (NIF) de UCSD es una iniciativa del NIH Blueprint for Neuroscience Research que proporciona un entorno de red abierta que los investigadores pueden utilizar para buscar un inventario de fuentes de datos, materiales de investigación y herramientas de neurociencia basados en la Web. El NIF tiene tres índices principales: el Registro, un catálogo de 12,000 recursos (incluidas 2500 bases de datos); el subconjunto de acceso abierto de los servicios de Literatura, PubMed y PubMed Central en la Biblioteca Nacional de Medicina; y la Federación de Datos, un grupo de 200 bases de datos que exponen unos 850 millones de registros de datos. NIF e Hypothes.is colaborarán para desarrollar servicios para exponer descripciones de texto sin formato en el estándar emergente de anotación web. Para obtener más información sobre NIF, consulte https://www.neuinfo.org/.
ORCID
El ORCID La misión es resolver el problema de la ambigüedad de nombres en las comunicaciones académicas. Para tal fin, ORCID proporciona un registro abierto de identificadores únicos y persistentes para los investigadores, y trabaja con la comunidad para garantizar que estos identificadores se recopilen durante los flujos de trabajo de investigación y se conviertan en parte de los trabajos y actividades de investigación. ORCIDEl enfoque en la participación de los investigadores, la provisión de API abiertas y código de software, y las colaboraciones con otras organizaciones de estándares e iniciativas de identificadores persistentes, incluido RRID, hace ORCID una poderosa herramienta para vincular a los investigadores con su actividad de anotación.
Con contribuciones de:
Dan Whaley, Hypothes.is
Maryann Martone, UCSD
Laurel Haak, ORCID
Peter Brantley, NYPL